Laboratorium merupakan perangkat penunjang pelaksanaan pendidikan di lingkungan Fakultas berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 9 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Mulawarman (OTK Unmul). Pembentukan Laboratorium Terpadu Fakultas Pertanian (Lab. Terpadu Faperta) sebagai bentuk penerapan OTK Unmul tersebut pertama kali ditetapkan oleh SK. Rektor Unmul No. 1737/SK/2018, tanggal 06 September 2018 tentang Penetapan Ketua Laboratorium di Lingkungan Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman. Laboratorium Terpadu Faperta ini tentunya diharapkan dapat mendukung terwujudnya Visi Fakultas Pertanian, yaitu “Menjadi Lembaga Pendidikan Tinggi yang Unggul dalam Bidang Pertanian Tropika Basah”. Adapun seluruh laboratorium di Faperta Unmul antara lain :
1. Laboratorium Agronomi
Kepala Lab : Dr. Ir. Suria Darma Idris, M.Si.
2. Laboratorium Hama Penyakit Tanaman
Kepala Lab : Dr. Abdul Sahid, S.P., M.P.
3. Laboratorium Tanah
Kepala Lab : Roro Kesumaningwati, S.P., M.Sc
4. Laboratorium Kultur Jaringan
Kepala Lab : Dr. Ir. Ellok Dwi Sulichantini, M.Si
5. Laboratorium Bioteknologi
Kepala lab : Dr. Ir. Syakhril, M.Si.
6. Kebun Pendidikan Teluk Dalam
Kepala Lab : Sofian, SP., M.Sc
7. Laboratorium Kartografi dan Sistem Informasi Geografis
Kepala Lab : Donny Dhonanto, SP., M.Sc
8. Laboratorium Manajemen Agribisnis
Kepala Lab : M. Erwan Suriatmaja, SP, MP.
9. Laboratorium Komunikasi & Pemberdayaan Masyarakat
Kepala Lab : Ir. Midiansyah Effendi, M.Si.
10. Laboratorium Pasca Panen & Pengemasan Hasil Pertanian
Kepala Lab : Nur Amaliah, S.TP., M.Si.
11. Laboratorium Pengeolahan & Pengawasan Mutu Hasil Pertanian
Kepala Lab : Yulian Andriyani, S.TP., M.Sc.
12. Laboratorium Kimia & Biokimia Hasil Pertanian
Kepala Lab : Dr. Aswita Emmawati, S.TP., M.Si.
13. Laboratorium Mikrobiologi Hasil Pertanian
Kepala Lab : Marwati, S.TP., MP
14. Laboratorium Nutrisi Ternak
Kepala Lab : Ir. Julinda Romauli Manullang, MP.
15. Laboratorium Produksi & Teknologi Peternakan
Kepala Lab : Arif Ismanto, S.Pt., M.Sc
16. Laboratorium Reproduksi Peternakan
Kepala Lab : drh. Fikri Ardhani, S.K.H., M.Sc