Laboratorium merupakan perangkat penunjang pelaksanaan pendidikan di lingkungan Fakultas berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 9 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Mulawarman (OTK Unmul). Pembentukan Laboratorium Terpadu Fakultas Pertanian (Lab. Terpadu Faperta) sebagai bentuk penerapan OTK Unmul tersebut pertama kali ditetapkan oleh SK. Rektor Unmul No. 1737/SK/2018, tanggal 06 September 2018 tentang Penetapan Ketua Laboratorium di Lingkungan Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman. Laboratorium Terpadu Faperta ini tentunya diharapkan dapat mendukung terwujudnya Visi Fakultas Pertanian, yaitu “Menjadi Lembaga Pendidikan Tinggi yang Unggul dalam Bidang Pertanian Tropika Basah”. Adapun seluruh laboratorium di Faperta Unmul antara lain :
1. Laboratorium Agronomi dan Rumah Kaca
Kepala Lab : Ali Zainal Abidin Alaydrus, S.T.P., M.P.
2. Laboratorium Hama Penyakit Tanaman
Kepala Lab : Dr. Abdul Sahid, S.P., M.P.
3. Laboratorium Tanah
Kepala Lab : Dr. Rabiatul Jannah, SP., MP.
4. Laboratorium Kultur Jaringan
Kepala Lab : Ir. Alvera Prihatini Dewi Nazari, M.Si.
5. Laboratorium Bioteknologi
Kepala lab : Indah Sriwahyuni, B.Sc., M.P.
6. Kebun Pendidikan Teluk Dalam
Kepala Lab : Andi Suryadi, S.P.,M.P.
7. Laboratorium Kartografi dan Sistem Informasi Geografis
Kepala Lab : Yoga Toyibulah, S.Si., M.Sc.
8. Laboratorium Manajemen Agribisnis
Kepala Lab : Hj. Syarifah Maryam, S.P., M.P.
9. Laboratorium Komunikasi & Pemberdayaan Masyarakat
Kepala Lab : Gisky Andria Putra, M.Si.
10. Laboratorium Pasca Panen & Pengemasan Hasil Pertanian
Kepala Lab : Dr. Wiwit Murdianto S.TP., MP.
11. Laboratorium Pengeolahan & Pengawasan Mutu Hasil Pertanian
Kepala Lab : Dr. Sulistyo Prabowo, A.Md, S.TP., MP., M.PH.
12. Laboratorium Kimia & Biokimia Hasil Pertanian
Kepala Lab : Prof. Dr. Ir. Bernatal Saragih, SP., M.Si., IPU.
13. Laboratorium Mikrobiologi Hasil Pertanian
Kepala Lab : Agustu Sholeh Pujokaroni, S.TP., M.Sc., Ph.D.
14. Laboratorium Nutrisi Ternak
Kepala Lab : Ir. Julinda Romauli Manullang, MP.
15. Laboratorium Produksi & Teknologi Peternakan
Kepala Lab : Ari Wibowo, S.Pt., M.Si., Ph.D.
16. Laboratorium Reproduksi Peternakan
Kepala Lab : drh. Khoiru Indana, M.Si.